沉管隧道工程水下检测和科研技术，是海科院主业之一。自2004年创建沉管隧道水下检测体系以来，先后完成了佛山东平隧道、南昌红谷隧道、天津海河隧道、广州车陂路-新滘东路隧道、广州国际创新城金光东隧道、广州官洲隧道等国内内河隧道工程的水下检测项目，开创了沉管隧道基础垫层无损检测技术和方法，开展了《灌沙基础垫层1:1模型试验及检测与监测技术研究》、《沉管管节浮运、沉放数学、物理模型试验》等科研项目，主编或参编了《内河沉管法隧道设计、施工及验收规范》、《沉管法隧道设计标准》、《内河沉管隧道水下检测技术规范》、《内河沉管隧道管养技术规范》等，完成专著3部，发表论文20余篇，获得省部级科技进步奖6项。为了进一步发展和开拓海科院沉管隧道技术和市场，海科院专门成立了上海交大海科检测技术有限公司专业从事包括沉管隧道的水下检测技术服务和科研，该公司取得了水下检测CMA资质认定。