上海交通大学海洋水下工程科学研究院（简称海科院）建于1978年，原名为交通部海上救捞科学研究院、交通部石油部海洋水下工程科学研究院、上海海洋水下工程科学研究院。2001年3月正式并入上海交通大学。
海科院是面向国内外专门从事海洋水下工程综合性研究和开发的机构。主要从事海洋和内河水下工程技术研究、潜水技术研究，以及水下应用设备的设计开发。下设水下工程研究所、水下测控技术研究所、劳动卫生研究所、高压舱实验研究室、水下环境条件模拟实验室、水下工程技术综合实验室、科技情报研究室、深水作业部以及交通部潜水设备产品质量监督检验测试中心、海科工程监理所、通海水下技术工程公司、海泉科技公司、实验工厂等研究开发机构。海科工程监理所是获得交通基本建设工程监理资质的第一个全国范围水下工程项目监理单位。
海科院具有先进的专业科学实验设施和设备，水下技术综合实验室1999年被认定为交通部重点实验室。其中3MPa潜水实验高压舱群和1996年建成的水下环境条件模拟实验室处于国内领先地位。
海科院的科学技术储备有先进的大深度饱和潜水技术、氦气回收技术，小型遥控潜水器(ROV)研制技术，清水和浑水水下电视、彩色图象声呐、系列水下光源的研制技术，水下设备的试验检测技术，海洋、内河、水库等水下工程检测、工艺设计和施工技术以及交通安全和劳动保护技术等。
海科院的水下技术面向社会，已应用于厦门至鼓浪屿过海输水管道、中日海底光缆上海水下段和中韩海底光缆青岛水下段等敷设工程，新安江、刘家峡、三门峡和丹江口等水库的坝基检测，深圳市蛇口赤湾港防波堤、北仑港码头钢桩等水下检测，上海港、宁波港、宝钢和海南岛码头水下结构检测、铜陵长江大桥水下施工、上海苏州河闸桥水下结构检测以及长江沉船测寻、南海油田水下150米检测等多项水下测控和水工监理等项目中，取得了较好的经济效益和社会效益。
海科院重视国际交流合作，与美国等国家进行过多次联合实验研究。主要有1988年和1995年两次中美联合氮氧饱和-巡回潜水科学实验。
海科院坚持潜水员和潜水技术培训工作，并专门成立了交通部潜水员培训中心。
海科院的发展目标是:赶超国际先进水平， 建成国内最先进的水下技术研究、应用和咨询服务中心。
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