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上海交通大学海洋水下工程科学研究院下设水下工程研究所、水下测控技术研究所、劳动卫生研究所、高压舱实验室、水下技术综合实验室、科技情报室和深水作业部等机构。并下属有通海水下技术工程公司、海泉科技公司和海科工程监理所等经济实体。

设于该院的潜水员培训中心已取得国家认证。设于该院的交通部潜水设备产品质量监督检验测试中心代表国家技术监督部门对潜水设备行业产品实施监督认证。