按照国家科研院所深化体制改革的要求，经教育部、交通部和上海市批准，原交通部直属研究院上海海洋水下工程科学研究院于2001年3月16日正式并入上海交通大学，新成立了上海交通大学海洋水下工程科学研究院。来自交通部、上海市教育党委、交通党委等部门和上海交通大学的领导出席了正式并入暨成立仪式。
在并入暨成立仪式上，上海交通大学谢校长发表了热情洋溢的讲话。
船泊与海洋工程是上海交通大学优势发展的重点学科之一。上海海洋水下工程科学研究院长期从事水下工程技术及应用研究，拥有交通部重点实验室，其饱和潜水技术达到国际水平，水下观测技术国内领先。并入交大后海科院的发展将纳入上海交通大学的发展规划，能加强交通大学优势学科的力量，优化科研布局，势必形成优势互补、共同促进的新局面。谢校长在讲话中希望新成立的海科院能成为学校科技体制改革的重要板快之一，在促进高校科技开发和企业实际需求相结合、学科组织专业化和技术发展综合性需求相结合、高校与企业对科技成果的价值取舍协调等重要方面发挥作用。使产学研结合更加紧密有效，为高校建设带来更大活力。
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